Apa Yang Berubah

Teknologi penjujukan · AI · Penanda aras · Genomik · PerbandinganModel Mei 2023 hingga Mei 2026 · rekod hingga September 2026

• 0model SUP DNA dalam generasi v6.0.0 — RNA ada satu
• ~43%kurang ralat bacaan bagi sup@v5.2.0 berbanding hac@v6.0.0, pada lima genom bakteria
• 13/13isolat bersistem pengubahsuaian dnd atau dpd yang himpunan HAC v6-nya tersasar, dalam kajian 294 isolat
• ~1 Qanggaran berlebihan skor kualiti sup@v5.0.0 sendiri, menurut Oxford Nanopore
• 2.7–5.7×berapa kali lebih lama SUP berbanding HAC pada data yang sama, dalam larian yang sama

Apa yang berubah, dan setakat mana setiap perubahan disahkan kedudukan dahulu; baris dikumpulkan mengikut kedudukan dan tidak diselang-seli

Mengikut Urutan

Urutan kejadiannya keluaran bertarikh mengikut nota keluaran Dorado sendiri dan ukuran mengikut penerbitan; model v3.x, untuk liang R9.4.1 yang lebih lama, di luar setiap perbandingan di sini dan tidak diberi tarikh

1. 18 Mei 2023Dorado 0.3.0 menghantar model v4.2.0 untuk data 5 kHz.
2. 24 Okt 2023Ryan Wick menguji model v4.2.0 fast, HAC dan SUP serta model penyelidikan yang ditala untuk DNA bakteria asli, pada sembilan genom bakteria. Model penyelidikan itu mengatasi SUP sedikit.
3. 5 Dis 2023Dorado 0.5.0 menghantar v4.3. Pada 18 Disember Wick mengukur SUP pada median Q20.5, naik daripada Q18.5, dan ralat himpunan merentas sembilan genom turun daripada 173 kepada 37; beliau melaporkan latihan bakteria model penyelidikan itu telah digabungkan.
4. 21 Mei 2024Dorado 0.7.0 menghantar v5: SUP beralih daripada LSTM kepada transformer, HAC kekal LSTM. Di London Calling, Oxford Nanopore meletakkan SUP v5 pada Q26, 99.75%.
5. 21 Jan 2025Dorado 0.9.1 mempercepat panggilan bes. Panggilan semula SUP v5.0 bagi satu larian di sebuah makmal turun daripada 46.3 jam kepada 18.7.
6. 21 Mei 2025Dorado 1.0.0 menghantar v5.2: HAC berkembang daripada lima lapisan LSTM kepada tujuh; SUP mengekalkan seni binanya dan menukar pemberatnya. Model R9.4.1, 4 kHz dan RNA002 serta input Fast5 digugurkan.
7. 27 Mei 2025Wick: HAC kira-kira 15% kurang ralat bacaan dan 65% kurang median ralat himpunan; bacaan SUP hampir tidak berubah.
8. 13 Jun 2025Prior dan rakan, dalam Journal of Clinical Microbiology: pada 80 isolat, SUP v5.0 membawa penjenisan cgMLST hampir setara Illumina, sedangkan v4.3 kadangkala tidak mencukupi.
9. 27 Jan – 26 Feb 2026Seorang pengguna melaporkan dalam penjejak isu Dorado bahawa bacaan yang sama mendapat skor lebih rendah di bawah sup@v5.2.0. Pada 16 Februari Oxford Nanopore menjawab bahawa v5.0.0 menganggar skornya kira-kira satu mata Q terlalu tinggi.
10. 18 Mac 2026Blog Oxford Nanopore menerangkan SUP transformer dan menyatakan ia mengekalkan bajet pengiraan inferens LSTM.
11. 24 Mac 2026Biggel dan rakan menerbitkan pracetak yang menguji SUP v5.2 pada 294 isolat patogen bawaan makanan.
12. 20 Mei 2026Dorado 2.0.0 menghantar v6.0: bagi DNA, model HAC dengan lapisan rekurens tersuai dan tanpa SUP. Mike Vella, Naib Presiden Pembelajaran Mesin Oxford Nanopore, di London Calling: “Yang penting, kami tidak mengeluarkan model sup kali ini… kami percaya model ini cukup baik sehingga peringkat sup tidak lagi diperlukan.”
13. 11 Jun 2026Wick: hac@v6.0.0 kira-kira 19% kurang ralat bacaan berbanding hac@v5.2.0, tetapi sup@v5.2.0 masih kira-kira 43% di hadapan; satu genom Klebsiella menghasilkan kira-kira 100 ralat bagi setiap himpunan dengan v6.
14. 19 Jun 2026Wick menggilap himpunan itu: jurang merapat tetapi tidak tertutup. Vella mencadangkan kepadanya bahawa pengubahsuaian tulang belakang fosforotioat, yang tiada dalam latihan, menyebabkan ralat Klebsiella itu.
15. 6 Julai 2026Versi kedua pracetak itu menambah HAC v6: setiap satu daripada 13 isolat yang membawa sistem pengubahsuaian DNA dnd atau dpd memberi himpunan yang sangat tidak tepat.
16. 8–9 Julai 2026Ujian metilasi Wick tidak menemui model yang terbaik pada setiap ukuran. Keesokan harinya beliau mengaitkan ralat Klebsiella dengan pengubahsuaian 7-deazaguanina daripada sistem dpd, memetik pracetak Biggel.
17. 13 Julai 2026Dorado 2.1.0 mempercepat HAC v6.0.0 pada GPU Blackwell, dan SUP v5.0.0 ke atas bagi bacaan pendek.
18. 15 Julai 2026Kulkarni dan rakan, dalam Nature Communications: model v4 yang lebih lama kekal pilihan boleh dipercayai bagi metilasi CpG, manakala model lebih baharu lebih baik bagi pengubahsuaian lain.

Hujah

Dua hujah tentang model yang sama hujah Oxford Nanopore menyokong HAC v6, dan hujah Ryan Wick menentang pengguguran SUP; kedua-duanya diterbitkan dan dinamakan di sini

• Hujah 1

  Oxford Nanopore: HAC v6 menjadikan SUP tidak perlu

  • Lapisan rekurens tersuai mengekalkan saiz model hampir HAC lama: 9,808,240 parameter berbanding 8,790,768.
  • Didakwa: himpunan bakteria tergilap setanding SUP v5.2, dan himpunan melebihi Q60 selepas penggilapan.
  • Didakwa: panggilan ulangan tandem pendek yang lebih baik, dan panggilan bes terubah suai paling tepat pernah dihasilkan Oxford Nanopore.

• Hujah 2

  Wick: pada bakteria, SUP masih model yang lebih baik

  • Median ketepatan bacaan Q20.6 bagi sup@v5.2.0 berbanding Q18.1 bagi hac@v6.0.0.
  • Median ralat bagi setiap himpunan 4 berbanding 11, dan penggilapan tidak menutup jurang itu.
  • Metilasi: tiada model terbaik pada setiap ukuran; bagi sesetengah kerja 5mC, hac@v5.2.0 mungkin pilihan yang betul.

• Titik persamaan

  Apa yang tidak dipertikaikan kedua-dua pihak

  • hac@v6.0.0 model HAC paling tepat setakat ini, dan dalam larian Wick sedikit lebih pantas daripada hac@v5.2.0.
  • SUP menelan beberapa kali ganda pengiraan HAC; HAC ialah peringkat yang mampu mengikuti PromethION yang dimuatkan sepenuhnya.
  • Kedua-dua pihak tidak menyatakan sama ada SUP v6 DNA akan dikeluarkan.

Apa yang Lain Tambah

Ukuran, bersebelahan setiap baris ialah perbandingan satu catatan sahaja; catatan dijalankan pada versi Dorado dan kedalaman berbeza, jadi baris tidak disambung

• Skor kualiti

  Skor lebih rendah bukan bacaan lebih buruk

  27,751 bacaan yang sama, dipanggil dua kali

  • Di bawah sup@v5.2.0, 62.5% lebih sedikit melepasi Q20 berbanding di bawah sup@v5.0.0, dan 17.8% lebih sedikit melepasi Q15; panjang dan bilangan bes hampir tidak berubah.
  • Jawapan Oxford Nanopore: skor v5.0.0 kira-kira satu mata Q di atas ketepatan sebenar bacaan, dan v5.2 membetulkan penentukuran itu.
  • Diukur melalui penjajaran, ketepatan bacaan SUP tidak berubah antara kedua-duanya, selaras dengan jawapan itu.

• Pengubahsuaian luar biasa

  Apa yang tidak dilatih pada HAC v6

  294 isolat, sepuluh patogen bawaan makanan

  • Isolat yang membawa sistem dnd (fosforotioasi) atau dpd (7-deazaguanina): kesemua 13 tersasar dengan HAC v6, dengan 24 hingga 314 alel tidak sepadan, median 78.
  • SUP v5.2 tidak kebal: ia gagal pada empat isolat Salmonella Kentucky bersistem dnd, dengan 20 hingga 68 alel tidak sepadan.
  • Dalam genom awam, dnd muncul dalam 44 daripada 67 spesies patogen dan dpd dalam sehingga 8% beberapa spesies Klebsiella, Escherichia dan Enterobacter.

• Metilasi

  Bes terubah suai tidak mengikut urutan versi

  data bakteria, tumbuhan, tikus dan manusia

  • Bagi metilasi CpG, model 5mCG v4 yang lebih lama paling boleh dipercayai; model 5mCG v5.2 terlepas CpG bermetil yang dikelilingi residu CG lain.
  • Model v5 yang lebih baharu jelas lebih baik bagi 5mC di luar CpG, bagi 4mC dan bagi 6mA.
  • Bagi CpG, HAC berprestasi hampir sama seperti SUP; bagi 6mA dan 4mC, SUP secara konsisten lebih baik.

Adakah Ia Berbaloi

Model mana untuk keperluan mana perbandingan model berakhir dengan kesesuaian, bukan pemenang: setiap kad menyatakan untuk siapa ia sesuai, kelebihannya dan kosnya

• sup@v5.2.0

  Untuk himpunan dan penjenisan bakteria, jika GPU mengizinkan

  • Keputusan terbaik dalam setiap ujian bakteria bebas di sini: bacaan, himpunan dan himpunan tergilap.
  • Profil cgMLST hampir sama bagi 97.3% daripada 294 isolat patogen bawaan makanan pada liputan 50×.
  • Kosnya: 2.7 hingga 5.7 kali masa panggilan bes HAC — dan ia masih gagal pada sesetengah genom yang membawa sistem dnd.

• hac@v6.0.0

  Untuk kerja berjumlah besar, terhad pengiraan dan masa nyata

  • Kira-kira 19% kurang ralat bacaan berbanding hac@v5.2.0, pada kelajuan sedikit lebih tinggi.
  • Peringkat yang disyorkan Oxford Nanopore untuk kebanyakan pengguna, dan yang mampu mengikuti PromethION yang dimuatkan sepenuhnya.
  • Kosnya: ia gagal pada genom yang membawa sistem dnd atau dpd — 13 daripada 13 dalam satu kajian. Semakan tanpa rujukan seperti alpaqa menandakan himpunan yang terjejas.

• Model 5mCG v4

  Untuk metilasi CpG

  • Model paling boleh dipercayai bagi tapak CpG dalam penanda aras bebas merentas bakteria, tumbuhan, tikus dan manusia.
  • Bagi CpG, HAC berprestasi hampir sama seperti SUP, jadi peringkat yang lebih murah sudah mencukupi.
  • Kosnya: model pengubahsuaian dipasangkan dengan model panggilan besnya sendiri, jadi pilihan ini mengikat panggilan CpG kepada panggilan bes v4.

• Model pengubahsuaian v5

  Untuk 6mA, 4mC dan 5mC di luar CpG

  • Jelas lebih baik daripada model v4 bagi tanda-tanda ini.
  • SUP secara konsisten lebih baik daripada HAC bagi 6mA dan 4mC.
  • Kosnya: pada bakteria tiada model v5.2 atau v6 terbaik pada setiap ukuran, dan bagi sesetengah kerja 5mC hac@v5.2.0 mempunyai dapatan semula terbaik.

• Semak semula sebarang penapis skor kualiti selepas menukar model. Pada bacaan yang sama, sup@v5.2.0 meletakkan 62.5% lebih sedikit melepasi Q20 berbanding sup@v5.0.0 — penentukuran semula, bukan kehilangan ketepatan. Semak ketepatan penjajaran, bukan skornya.
• Uji model baharu pada data anda sendiri sebelum bertukar. Satu keluaran SUP tidak membawa peningkatan peringkat bacaan, dan HAC terbaharu gagal pada satu kelas genom.
• Gilap himpunan bakteria dengan model bakteria. Dalam ujian Wick, model bakteria longgokan yang lebih lama memburukkan 6 daripada 147 himpunan, berbanding 22 dan 14 bagi dua model peringkat bacaan, dan paling banyak menambah baik.
• Bandingkan kajian dalam satu liang. Setiap model dilatih untuk satu keadaan penjujukan, jadi data R9.4.1 memerlukan model R9.4.1 — dan Dorado 0.9.6 ialah keluaran terakhir yang membawanya.